A történet azzal kezdődik, hogy Kucsiki Rukia, egy sinigami (halálisten) megjelenik Kuroszaki Icsigo szobájában. Meglepődik rajta, hogy Icsigo képes látni őt, mert a halálistenek és általában a szellemi lények a közönséges emberek számára láthatatlanok, csak a nagyon nagy vagy a nagyon kis szellemi energiával rendelkezők (értsd: haldoklók) képesek erre. Azonban nincs sok ideje meglepődni, mert egy lidérc (egy elkárhozott lélek) megtámadja Icsigo családját és meg kellene védenie őket. Azonban – egyéb okokból – alulmarad, és erejét Icsigónak adja, aki megvédi a testvéreit. Rukia szellemi energiája egyszerre felébreszti a saját belső erejét is, ami eddig rejtőzködött és képességeiben messze felülmúlja a legtöbb közönséges halálistenét is.

A következő nap Rukia egyszer csak betoppan Icsigo osztályába, mint cserediák, és úgy viselkedik, mint egy normális ember. Mint kiderül, ereje átadása miatt kénytelen az emberek világában maradni, egy ideiglenes póttestben arra várva, hogy halálisteni ereje visszatérjen. Addig is Icsigo helyettes halálistenként gyakorlatilag teljesíti Rukia feladatait – azaz elpusztítja az egyre gyakrabban megjelenő lidérceket és a Földön bolyongó lelkeken elvégzi a lélektemetés szertartását, amivel azok a Lelkek Világába kerülnek. Segítségére van három osztálytársa: Inoue Orihime, Jaszutora Szado (Chad), és Urjú Isida. Az előbbi kettő mindössze különleges képességek birtokában lévő ember, míg Isida egy Quincy, a halálistenek ősi ellensége, akik a lelkeket nem begyűjtik, hanem elpusztítják.

Rukia azonban azzal, hogy erejét egy embernek adta – még ha szükségből is – vétett a Lelkek Világának törvényei ellen. Így aztán akarata ellenére visszaviszik, és halálra ítélik, Icsigo és barátai pedig a megmentésére indulnak. Miután bejutottak a halálistenek városába, egy kapitány, Aizen Szószuke, gyilkosság áldozata lesz, amelynek első számú gyanúsítottjai a behatolók. A történet első nagy szakasza így veszi kezdetét.

Icsigo egy kiugrott halálisten, Kiszuke Urahara segítségével jut el a Lelkek Világába, miután az felébresztette benne saját halálisteni erejét. A folyamat során megszületik Icsigo lidérc-énje is, akivel szintén meg kell küzdenie. A Lelkek Világában Aizen halálának körülményei megosztják a halálistenek 13 védelmi osztagának kapitányait is. Icsigo és Rukia gyerekkori barátja, a halálisten Abaraj Rendzsi végigharcolják magukat a Lelkek Világán, hogy kiszabadítsák a lányt a börtönéből. Később csatlakozik hozzájuk a 11. osztag renegát kapitánya, Zaraki Kenpacsi, és végül a saját bátyja, a volt börtönőre, Kucsiki Bjakuja is. A Lelkek Világán belül kialakult forrongás tetőpontján, amikor sikerül végre megmenteniük Rukiát, kiderül, hogy Aizen nem is halt meg, hanem csak megrendezte a saját halálát. A terve az volt, hogy Rukia kivégzése után megkaparinthassa a Rukia póttestébe rejtett különleges erejű szerkezetet, az Urahara által megalkotottLélekbontót, és azzal isteni képességekre tegyen szert. Aizen és csatlósai, a két áruló halálisten: Tószen Kaname és Icsimaru Gin a lidércek segítségével a lidércek világába, Hueco Mundóba menekülnek. Felismerve a fenyegetést, amit Aizen jelent, a halálistenek békét kötnek Icsigóékkal, és elismerve képességeit, hivatalosan is kinevezik helyettes halálistennek.

Az anime ezután egy önálló történetet mesél el: a Bountokét. A Bountok a vámpírokhoz hasonlatosan emberi lelkekkel táplálkoznak, hogy életben maradhassanak.Vezetőjük, Karija Dzsin célja, hogy leszámoljon a Lelkek Világával, mert a halálistenek rájuk nézve is fenyegetést jelentenek. Icsigo és barátai összecsapnak a Bountokkal, és megpróbálják megakadályozni a tragédiát.

A sztori folytatásában a halálisteneknek és Icsigóéknak szembe kell nézniük Aizen emberszerű külsőt öltött, különösen erős, kiképzett lidérceivel, az Arrancarokkal, akik sokkal erősebbek egyenként is, mint a halálistenek. Segítségükre egy különös csoport siet: a Vaizardoké, akik valaha halálistenek voltak, de Aizen kísérletei miatt lidérc-hibridekké váltak, és ezért száműzték őket. A Vaizardok megtanítják Icsigónak, hogy miként tudja uralni a lelkében lakozó lidércet, és így szálljon szembe az Arrancarok tíz legerősebb harcosával, az Espadával - és különösen az egyikükkel, Grimmjow Jeagerjaques-kel. Miután az egyik Espada, Ulquiorra Schiffer, elrabolja Icsigo barátnőjét, Orihimét, egy kis csapat élén elindul Hueco Mundóba, hogy kimentse a lányt Aizen palotájából, Las Nochesből. Hatalmas küzdelmeket követően végül sikerrel járnak, de ekkor kiderül, hogy Aizen ismét átverte őket: ezúttal a célja az volt, hogy a legerősebb halálisteneket Hueco Mundóba csalja, majd eközben rátámadjon Icsigo városára, Karakurára. Ott aztán az élő emberek megölése után megkaparintaná a lelküket, hogy azok felhasználásával kaput nyisson a lelkek királyának palotájához, és vele végezve a helyébe lépjen.

Egy újabb, kizárólag az animében látható történetszál kezdődik itt: a 3. osztag új kapitányáról, Súszuke Amagajról szóló. Amagaj bosszút akar állni Jamamoto főkapitányon az apja halála miatt, és ehhez a Kaszumiódzsi klán fegyvereit kívánja felhasználni, melyek különleges képességekkel bírnak. Icsigo összecsap Amagajjal, aki, miután rájön tervének szégyenteljességére, öngyilkos lesz.

A harmadik, csak az animében látható történetszál egy különleges lélekölő kardról, Muramaszáról szól, aki képes önmagát és a többi lélekölő kardot is spirituális formájukba alakítani, hogy így állhassanak bosszút Kucsiki Kóga mester bebörtönzéséért. Ám miután sikerrel járnak, Muramasza ismét pálfordulást mutat be, és egy hatalmas szörnnyé változik, akit Icsigónak kell legyőznie. Halála előtt még elmondja szándékát: az volt a célja, hogy a halálisteneket és a lélekölő kardokat is egyenlőkként kezeljék.

A manga történetének folytatásában tehát Aizen Karakura városára ront rá, és a halálistenek, valamint a vaizardok egyesítik erejüket, hogy szembeszálljanak vele. Gin felfedi, hogy személyes okokból Aizen meggyilkolását tervezi, de kudarcot vall. Aizen pedig bevallja, hogy azért van szüksége a Lélekbontó erejére, hogy önmagát egy lidérc-szerű lénnyé alakítva mindenkinél erősebb lehessen, hogy így szállhasson szembe a Lelkek Királyával. Icsigo időközben rájön, hogy az apja igazából egy halálisten, és hogy őt a megszületésétől kezdve megfigyelt és befolyásolt Aizen. Végül egy új technika elsajátításával képessé válik arra, hogy végezzen Aizennel, de ez a halálisteni képességeinek teljes elvesztésével jár. Aizent elfogják és börtönbe vetik a halálistenek, hogy többé ne jelenthessen senkire se veszélyt.

Hónapokkal a harcok befejezése után Icsigo ismét az események középpontjába kerül. Egy Xcution nevű szervezet keresi meg őt, aminek tagjai a Fullbringerek - Chadhoz hasonlóan különleges tulajdonságokkal rendelkező emberek. Névleg a szövetségeseinek mutatkoznak, ám a cél végül is az, hogy megszerezzék a benne rejlő Fullbringer-képességet, a barátainak a manipulálása árán is. A halálistenek segítenek Icsigónak visszaszerezni elvesztett képességeit, aki így szembeszállhat a Fullbringerek vezetőjével, Kudzsó Gindzsóval, aki, mint kiderül, az őt megelőző helyettes halálisten volt. Miután leszámolt vele, újra helyettes halálistenként szállhat harcba a Lelkek Világának oldalán.

Az anime itt véget ér, de a manga folytatódik tovább, méghozzá az utolsó történettel. Egy Quincy hadsereg érkezik, akik magukat Wandenreichnek nevezik; leigázzák az Arrancarokat és Hueco Mundót, majd megerősödve totális háborút indítanak a Lelkek Világa ellen. Első csapásukat követően a 13 védelmi osztag is súlyos veszteségeket szenved, végeznek többek között Jamamoto főkapitánnyal is. Vezetőjük Yhwach, a Quincyk őse, akit egykor istenként tiszteltek a Földön. Az alvilágban töltött hosszú, mély álma után most visszatért, azzal a szándékkal, hogy megölje a Lelkek Királyát, akárcsak annak idején Aizen. Isida beáll a Wandenreich soraiba, Icsigo pedig felfedezi, hogy különleges képességeit annak is köszönheti, hogy az édesanyja is Quincy volt, aki akaratán kívül belecsöppent Aizen lidérc-kísérleteibe is. Miközben a Wandenreich a második csapásra készül a Lelkek Világa ellen, a halálisteneknek meg kell állítaniuk Yhwach-ot is, aki felfedezte az utat a Lelkek Királyához...