A Japánhoz tartozó 6852 sziget Ázsia csendes-óceáni partvidéke mentén fekszik. A legjelentősebb szigetek északról dél felé haladva Hokkaidó, Honsú (a fő sziget), Sikoku és Kjúsú. A Rjúkjú-szigetek (vagy más néven Nanszei-szigetek), beleértve Okinavát, Kjúsú szigetétől délre fekszenek. Ezeket a szigetek együttesen japán szigetvilágnak is szokták nevezni.

Az ország kb. 75%-a erdős, hegyes terület, amely alkalmatlan mezőgazdasági, ipari és lakossági használatra a meredek lejtők, a földrengések, a szélsőséges időjárás, a gyenge talaj és az esőzések által okozott földcsuszamlások miatt. Ez azt okozta, hogy a lakható területeken a népsűrűség az egekig szökött, főleg a partvidéki területeken. Japán a harmincadik legsűrűbben lakott ország a világon.

A felkelő nap országa a pacifikus hegységrendszer szeizmikusan aktív területén fekszik, három tektonikus lemez találkozásánál. Emiatt gyakoriak a földrengések, vulkanikus tevékenység észlelhető. A századok folyamán több, kisebb-nagyobb földrengés pusztított az országban, melyek gyakran okoztak gyilkos szökőárakat (1995-ben a Nagy Hansin földrengés több mint 6400 embert ölt meg).

 Vízrajz
Az ország szigetvilág jellegéből következik, hogy igazán hosszú folyók nincsenek. De mivel az éghajlat sokfelé esős, patakban, kisebb folyóban nincs hiány, ilyenek mindenfelé vannak.

 Éghajlat
 Bővebben: Japán éghajlata
Az éghajlat Japánban nagyrészt mérsékelt, ám északról délre erősen változik. Az országot hat nagy éghajlati övezetre lehet osztani:

Hokkaidó – a legészakibb. Jellemzői a hosszú, hideg telek és hűvös nyarak. A csapadék nem gyakori, de a szigetet télen gyakran sújtják hóviharok.
Japán-tenger – Honsú nyugati partvidékén az északnyugati szél telenként jelentős havazást okoz. Nyáron ez a terület hűvösebb mint a Csendes-óceán partja, de a föhn jelenség miatt gyakran igen magas hőmérsékletek alakulnak ki.
Közép-Japán – Tipikus kontinentális éghajlat jellemzi, a telek és nyarak, valamint a nappalok és éjszakák közti nagy hőmérsékleti különbségekkel. A csapadékmennyiség aránylag kicsi.
Szeto-beltenger – A Csúgoku és Sikoku régiók hegyei pajzsként védik ezt a területet a szelektől, ami ennek a régiónak kellemes időjárást biztosít egész évben.
Csendes-óceán – A keleti part télen hideg, gyakori a hóesés, a nyár viszont meleg a délkeleti monszunszél miatt.
Délnyugati-szigetek – Éghajlatuk szubtrópusi, meleg telekkel és forró nyarakkal. A csapadék nagyon gyakori, főleg az esős évszakokban. A tájfunok időszakosak.
A fő esős évszak május elején kezdődik Okinava szigetein. Az ezért felelős mérsékelt égövi ciklon az év során észak felé halad, és Hokkaidón tűnik el végleg, általában július végén. Honsú nagy részén az esős évszak június közepén kezdődik el és körülbelül hat hétig tart. Nyár végén és ősz elején a tájfunok gyakran hoznak nagy mennyiségű csapadékot.

 Élővilág, természetvédelem
Japán erdői kilenc ökorégiót alkotnak, amelyek tükrözik a szigetek éghajlatát és domborzatát. Délről észak felé utazva Rjúkjú- és Bonin-szigetek nedves trópusi és szubtrópusi erdeivel találkozunk először. A fő szigetek mérsékelt éghajlatú területein mérsékelt égövi lombhullató- és vegyes erdőket láthatunk, a hideg északi régióban pedig fenyveseket.

Az ötvenes és hatvanas évek gyors iparosítása közben elhanyagolták a környezet védelmét. Azóta viszont nagy erőfeszítéseket tesznek az élhető környezet fenntartásáért. Sikereket is értek el. Jelenleg legfontosabbnak a következőket tartják: a városi légszennyezés csökkentése, a szennyvíz-kezelés, a vizek túlságos feldúsulása tápanyagokkal („algásodás”), a vegyszerek kezelése.

Japán élenjáró ország az új, környezetbarát technológiák fejlesztésében. Ezeknek mára a gazdasági jelentősége is nagy, exportálható árut jelentenek.

 Nemzeti parkok
 Bővebben: Japán nemzeti parkjai
Hokkaido

Rishiri-Rebun-Sarobetsu Nemzeti Park
Shiretoko Nemzeti Park
Daisetsuzan Nemzeti Park
Akan Nemzeti Park
Kushiro Shitsugen Nemzeti Park
Shikotsu-Toya Nemzeti Park
Tohoku

Towada-Hachimantai Nemzeti Park
Rikuchu Kaigan Nemzeti Park
Bandai-Asahi Nemzeti Park
Kanto

Nikko Nemzeti Park
Oze Nemzeti Park
Chichibu Tamakai Nemzeti Park
Joshinetsu Kogen Nemzeti Park
Ogasawara Nemzeti Park
Fuji-Hakone-Izu Nemzeti Park
Chubu

Chubu-Sangaku Nemzeti Park
Hakusan Nemzeti Park
Minami Alps Nemzeti Park
Kansai

Ise-Shima Nemzeti Park
Yoshino-Kumano Nemzeti Park
Chugoku & Shikoku

San-in Coast Nemzeti Park
Daisen-Oki Nemzeti Park
Setonaikai Nemzeti Park
Ashizuri-Uwakai Nemzeti Park
Kyushu

Saikai Nemzeti Park
Unzen-Amakusa Nemzeti Park
Aso Nemzeti Park
Kirishima-Yaku Nemzeti Park
Okinawa

Iriomote Nemzeti Park
 Természeti világörökségei
Az UNESCO a természeti világörökségek listájára vette:

Jakusima - ősi cédruserdő;
Sirakami-szancsi - bükkös;
Siretoko-félsziget.